Вроде бы в установленном формате XML есть специальное поле, куда можно вписать ссылку на файл. Т.е. структурированный XML может передаваться вместе c неким файлом (печатной формой, например)?
 
Возможность добавить ссылку или текст к формализованному счёту-фактуре (СФ) предусмотрена в опциональном блоке доп. информации.
Возможность добавить файл к формализованному СФ  предоставляется на уровне контейнера Такском.
В карточке card.xml можно указать относительную ссылку (относительно корня архива контейнера) на файл в блоке AdditionalData тега AdditionalParameter.
Также есть возможность указать в файле meta.xml в специальном теге DataImage ссылку на файл.
Если необходимо отправить несколько файлов, то можно их запаковать в zip-архив и указать ссылку на этот zip-архив.
Zip файл необходимо положить рядом с форматным XML СФ. Подписываться электронной подписью (ЭП) он не будет.